В конце 1989 г. Госкомитетом СССР по народному образованию был издан приказ (№886 от 4.12.89 г.), согласно которому в системе Гособразования СССР должна быть создана сеть Центров новых информационных технологий. В списке вузов, в которых предполагается создание Центров, был указан и Томский государственный университет. В мае 1990 г. был подготовлен проект Положения о центре и получено согласие МВиССО РСФСР на присвоение ему статуса республиканского. В декабре 1990 г. приказом ректора ТГУ (№408 от 20.12.90 г.) Центр НИТ ТГУ был создан. Его директором был назначен декан физического факультета, профессор Н.С.Голосов.
В январе 1991 г. в составе ЦНИТ приказом ректора была создана лаборатория "Новые информационные технологии образовании", ее заведующим и заместителем директора ЦНИТ был назначен доцент физического факультета В.М. Вымятнин. В Общесоюзный ЦНИТ направлен план работы ЦНИТ ТГУ на 1991 г. В феврале вышел приказ ГК НВШ РСФСР (№96 от 06.02.91 г.) "О создании республиканской организационной структуры информатизации отрасли". ТГУ в списке первоочередных не оказалось.
В марте 1992 г., в связи с распадом союзных структур, ЦНИТ ТГУ был преобразован в Сибирский центр педагогической информатики при ТГУ (СЦПИ).
Неоднократно поднимался вопрос о придании ЦНИТ ТГУ официального статуса в структуре Минобразования РФ, однако по разным причинам вопрос долго (до 1998 г.) не был решен (одной из причин было то, что в Томске уже было создано два центра НИТ, региональный в ТПУ и областной в ТУСУРе).

Несмотря на отсутствие официального статуса, центр с момента создания принимал активное участие в работах по информатизации образования не только в рамках ТГУ, но и в более широком масштабе.

1991 г.  На кафедре общей физики ФФ защищены первые дипломных работы по педагогической информатике

1992 г.  По инициативе ЦНИТ принято решение о проведении в ТГУ научно-методической конференции по использованию НИТ в образовании. В июле был создан оргкомитет конференции в составе: проректор по учебной работе М.Д.Бабанский, декан физического факультета Е.И.Чеглоков, доцент факультета информатики Т.Н.Поддубная, директор СЦПИ В.М.Вымятнин.
В ноябре на конференции Российской ассоциации учителей информатики СЦПИ получил статус ее регионального центра (Ассоциация была создана в 1988 г., директор ЦНИТ был в числе организаторов Ассоциации и входил в ее правление).

1993 г.  В феврале в ТГУ проведена межреспубликанская конференция "Университетское образованиие и компьютерные технологии обучения". Выпущен сборник трудов конференции.
Директор ЦНИТ принял участие в совещании руководителей Центров НИТ (г. Саратов, сентябрь).
В конце года на физическом факультете начала работать первая в ТГУ электронная почта (инициатива молодых сотрудников кафедры теоретической физики).

1994 г.  В марте директор ЦНИТ принял участие в научно-методической конференции "Компьютерные технологии в высшем образовании" в Санкт-Петербурге (с 1995г.-"Телематика").
В апреле Подписан договор о сотрудничестве между Управлением образования Администрации Томской области, Томской государственной телерадиокомпанией и Томским государственным университетом. Предмет договора - реализацияобластной целевой программы по дистанционному обучению учащейся молодежи. В результате был создан учебно-методический комплекс "Видеорепетитор" - комплект видеокассет по основным школьным дисциплинам.
В ТГУ создан совет по информатизации во главе с первым проректором М.Д. Бабанским, Разработана крупномасштабная программа создания в ТГУ современной информационной инфраструктуры и организована ее реализация.
В составе НИЧ ТГУ создана лаборатории информационных сетей (ЛИС НИЧ ТГУ) во главе с проректором по научной работе Г.В. Майером, а затем В.И. Зинченко. Силами лаборатории в 1994-1996 г г. ведутся работы по построению корпоративной сети компьютерных телекоммуникаций ТГУ. вводится в эксплуатацию общеуниверситетский узел компьютерных телекоммуникаций, обеспечивающий доступ в Интернет. Кроме того, в этот период интенсивно развиваются факультетские или межфакультетские локальные компьютерные сети с Web-серверами, которые охватывают практически все факультеты университета; обеспечивается доступ к Интернет более 500 рабочих станций по двум каналом: через посредство томского узла сети Relcom и через посредство московского узла сети Relarn на скоростях до 28 кбод.
Директор ЦНИТ принял участие в Первой международной конференции по дистанционному образованию (г.Москва, июль)

1995 г.  В ТГУ был реализован первый международный проект по дистанционному обучению (с университетом Огайо, США).
Для реализации Федеральной целевой программы по дистанционному образованию в структуре Учебного управления создается отдел новых образовательных технологий (ОНОТ) во главе с профессором физического факультета В.П. Демкиным (в июле 1998 г. ОНОТ был преобразован в Институт дистанционного образования).

1996 г.  Реализуется проект по дистанционному обучению студентов ТГУ с университетом штата Калифорния (Лос Анжелес), США
Реализуется проект по дистанционному обучению школьников с школой №2 г.Мыски (Кемеровская обл.)

1997 г.  Томский университет включен в число университетов, в которых по соглашению с фондом Сороса создаются интернет-центры.
В ОНОТ разрабатываются первые мультимедиа курсы: "Химия" (В.В.Шелковников), "Клеточная биология" (Т.В.Руденко), "Прикладной системный анализ" (Ф.П.Тарасенко).
В конце года состоялось торжественное открытие Университетского центра Интернет ТГУ. Директором УЦИ был назначен профессор В.П.Демкин.

1998 г.  26 января 1998 года по инициативе учредителей (АГУ, НГТУ и ТГУ) создана Ассоциация образовательных и научных учреждений "Сибирский Открытый Университет".
В октябре Минобразования издал приказ о создании 9 новых центров НИТ. В их число вошел и ГЦ НИТ ТГУ. От момента создания ЦНИТ в ТГУ до получения им официального статуса прошло почти 8 лет...